Biostatisticienne à la plateforme bio-informatique de la Fondation Synergie Lyon Cancer depuis 2010, Emilie Thomas apporte des solutions statistiques permettant aux chercheurs d’améliorer la qualité des données issues de séquençage génomique.

Première embauchée la plateforme bio-informatique créée par Gilles Thomas, Emilie Thomas a participé au développement de la structure et de l’équipe en intervenant de manière transversale sur les diverses activités de recherche : « J’aborde toutes les problématiques statistiques liées aux projets menés à la plateforme, en travaillant sur des points particuliers de questionnement, là où il manque une ‘brique’ statistique au traitement des données », explique-t-elle. Elle a notamment mis en œuvre une méthode d’estimation de la « pureté tumorale » des échantillons à séquencer permettant de mieux sélectionner les tumeurs à analyser. Elle a également implémenté un système de marqueurs permettant d’évaluer la qualité des données après séquençage. Bien que la plateforme utilise principalement le séquençage nouvelle génération, elle s’occupe également des projets impliquant le traitement par biopuces grâce à l’expertise qu’elle a précédemment acquise dans cette technologie.

Le séquençage à haut débit : tout un terrain méthodologique à explorer

Selon Emilie Thomas, la plateforme a fondamentalement évolué depuis son lancement : « Après la production de méthodes de traitement des données, nous arrivons à la production de résultats : nous fournissons vraiment des réponses à des questions biologiques. De plus, avec notamment le projet LYric*, où des échantillons tumoraux des patients de l’hôpital sont séquencés, nous participons maintenant directement à la clinique. Nos recherches en génomique aident aux diagnostics et en cela, se rapprochent de la médecine personnalisée », note Emilie Thomas. Les récentes technologies de séquençage à haut débit lancent également de nouveaux défis méthodologiques et informatiques : « C’est un terrain de développement très important, que nous abordons actuellement via le projet de recherche ABS4NGS**».

Emilie Thomas est titulaire d’une Maîtrise en ingénierie mathématique et d’un Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) en mathématiques et applications de l’Université de Franche-Comté Sciences et Techniques (UFRST) de Besançon. « Pouvoir s’approprier un domaine scientifique spécifique et y apporter des solutions représentait pour moi le l’intérêt majeur des mathématiques appliquées », se souvient la jeune femme.

A partir de 2005, elle a exercé en tant qu’ingénieur de recherche en biostatistiques à la Ligue Nationale Contre le Cancer pour son programme « carte d’identité des tumeurs » à Paris. Là, elle a choisi la stratégie et la méthode des bioanalyses, a réalisées celles-ci et a présenté les résultats des données obtenues. Elle a également pris en charge les chaînes de traitement des biopuces dédiées aux études génomiques. Cette expérience lui a permis de bâtir des compétences en génomique de la cancérologie telle qu’elle est abordée à la plateforme bio-informatique de Synergie Lyon Cancer.

*LYon Recherche Intégrée sur le Cancer

**Solutions Algorithmiques, Bioinformatiques et Logicielles pour le Séquençage à Haut Débit.