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Les équipes

La plateforme Bioinformatique de Synergie Lyon Cancer met son expertise et ses ressources humaines et technologiques au service de la structuration et de l’interprétation des données génomiques du cancer.

Anthony Ferrari, bioinformaticien

Plateforme bioinformatique

Depuis septembre 2010, Anthony Ferrari est bioinformaticien à la plateforme bio-informatique de Synergie Lyon Cancer. Il s’est spécialisé dans la création des « pipelines » informatiques de traitement des données de recherche.

Dans le cadre du projet européen International Cancer Genome Consortium (ICGC), Anthony Ferrari joue le rôle d’interface avec le Sanger Institute, partenaire britannique de la plateforme bio-informatique pour le séquençage de certaines formes de cancers du sein (HER2+). Il suit l’évolution des opérations, vérifie la qualité des échantillons, dialogue avec les scientifiques, récupère et traite les données obtenues…

Au-delà du service, la collaboration s’élargit sur des aspects plus scientifiques : « Nous partageons nos expériences sur les listes d'altérations génomiques identifiées de part et d'autre et sur l’optimisation des processus d'analyse », explique Anthony Ferrari.

Le bioinformaticien développe un « pipeline » informatique, soit une infrastructure permettant aux ingénieurs de plateforme d’analyser les données volumineuses de génomique de manière séquentielle et automatisée. « Je créée l’architecture logicielle nécessaire pour bien organiser les différentes briques qui constituent les étapes du traitement des données. Pour veiller à la fiabilité et à la robustesse du système, je teste tout pipeline en configuration réelle en m’assurant que chaque phase est valide, qu’il tourne avec les bons paramètres, dispose d’assez de ressources matérielles pour bien s’exécuter… Il me faut également pérenniser la mémoire du système pour qu’une version antérieure d’un pipeline puisse être utilisée facilement même dans plusieurs années ». Enfin, Anthony Ferrari administre le cluster de calcul* de la plateforme et fait le lien avec les fournisseurs de ce matériel pour garantir la fiabilité de ses performances.

La plateforme Synergie Lyon Cancer : un groupe de bioinformaticiens soudés et complémentaires où chacun peut profiter des savoirs et expertises de l’autre.

Anthony Ferrari a choisi la filière bio-informatique à l’Ecole nationale supérieure d’informatique et de mathématiques appliquées de Grenoble (ENSIMAG) en 2003. Après avoir passé son projet de fin d’études à l’Institut de Biologie structurelle de Grenoble, il a intégré le Centre de Recherches en Cancérologie de l’Institut Paoli-Calmette de Marseille. Tout en créant et gérant des outils bioinformatiques, le « database manager » assurait déjà un rôle de pivot entre les chercheurs, les développeurs et les centres hospitaliers participants d’un projet INCa (Institut National du Cancer) de base de données nationale de gènes. « Après avoir travaillé seul sur mes problématiques pendant 4 ans, j’ai voulu rejoindre un groupe de "gens de mon espèce’" pour bénéficier de plus de dialogue, d’aide et d’émulation », se souvient Anthony Ferrari. « Non seulement le projet me motivait beaucoup, mais je considérais l’opportunité de travailler sous la responsabilité de Gilles Thomas comme un honneur. Je savais que je rejoignais un environnement ou j’allais pouvoir évoluer ».

 

* Regroupement d’ordinateurs permettant d’augmenter la puissance de calcul des données.