A la plateforme de bioinformatique de Synergie Lyon Cancer, Emilie Sohier participe aux projets menés par le LYric (Lyon Recherche Intégrée en Cancérologie) en développant des pipelines permettant d’automatiser les analyses des données issues de séquençage et de puces à ADN.

Emilie Sohier a été recrutée en avril 2013 dans le cadre du projet de médecine personnalisée Profiler du LYric qui a pour objectif de réaliser la « carte d’identité tumorale » de 2000 patients. Sa mission : collaborer avec les chercheurs du programme pour développer des pipelines informatiques améliorant les analyses des profils génétiques des échantillons tumoraux : « L’automatisation permet d'analyser parallèlement les données de plusieurs patients et de contrôler précisément chaque étape du traitement : c’est un gain de temps et une garantie de reproductibilité », explique Emilie Sohier. Elle contribue également à la compréhension des listes des altérations génomiques obtenues : « Elles sont automatiquement annotées : les  biologistes peuvent ainsi interpréter directement et rapidement les résultats ». L’automatisation permet aux chercheurs de se concentrer davantage sur l’analyse des résultats et par la suite, aux oncologues de prendre des décisions plus rapidement pour leurs patients.

La plateforme de bioinformatique de Synergie Lyon Cancer, pas une simple plateforme de service mais une plateforme de haut niveau tournée vers le progrès.

« Ici, beaucoup de questions sont posées dans le but de faire progresser la compréhension des processus d’analyse, et ce au plus près de l’évolution actuelle des méthodes. Les outils mis au point sont issus d’une véritable réflexion », reconnaît Emilie Sohier. « Les bioinformaticiens de la plateforme possèdent des compétences différentes et complémentaires, nous permettant de travailler en synergie. Nous communiquons ensemble au quotidien et nous réunissons régulièrement pour discuter des améliorations à apporter aux récentes solutions ».

Emilie Sohier a commencé ses études supérieures en 2008 par un diplôme universitaire de technologie (DUT) « Génie biologique option bioinformatique » pour aboutir à un Master « Sciences, Technologies, Santé » de l’université de Poitiers en 2011. Durant son cursus, elle a effectué différents stages de bioinformatique, notamment au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), où elle a comparé les taux d’erreurs entre différentes technologies d’analyse du génome. Avant de rejoindre la plateforme, Emilie Sohier a également exercé en tant que bioinformaticienne dans l'équipe pédiatrique de l’unité « Vectorologie et thérapies anticancéreuses » de l'Institut de Cancérologie Gustave Roussy (IGR) où elle a étudié les altérations génomiques associées à l'ostéosarcome, un cancer de l’os. 

* Validation et Identification de Nouvelles Cibles en Oncologie