Vous êtes ici

Imprimer

Les équipes

Vincent Le Texier, responsable de base de données

Plateforme bioinformatique

L’ingénieur de recherche Vincent Le Texier a pour mission de concevoir et de développer des bases de données permettant d’organiser l’importante masse d’informations génomiques et cliniques traitée à la plateforme bio-informatique Synergie Lyon Cancer.

Vincent Le Texier s’occupe principalement de la conception et du développement des bases de données qui seront délivrées à l’International Cancer Genome Consortium (ICGC) à Toronto dans le cadre de la contribution française à ce projet international de génomique des cancers. « Une base de données sert à centraliser et organiser des informations dans une seule unité », explique Vincent Le Texier. « Elle permet le maintien de l’intégrité des données, leur mise à jour et leur interrogation ».  

Des bases de données conçues pour répondre intelligemment aux questions biologiques

Dès son arrivée en 2010 à la plateforme bio-informatique dans le cadre du projet ICGC, Vincent Le Texier a créé une base de données (« SampleTracker ») assurant la traçabilité des biopsies de tissus tumoraux, ADN et ARN de patients fournis par les centres hospitaliers : « Via une interface Web, les collaborateurs peuvent connaître à tout moment l’état des analyses de leurs échantillons biologiques. Cette base est certes modeste en terme de volume de données, mais elle est très riche d’un point de vue fonctionnel ».

Aujourd’hui, Vincent Le Texier développe deux autres bases pour le même projet, l'une pour les données de mutations génomiques (variants uniques, insertions/délétions, réarrangements chromosomiques…) issues des analyses effectuées à la plateforme, l’autre pour les données cliniques des patients, avec la date de diagnostic, le type de traitement et la réponse, les facteurs de risques et les antécédents. Il créera ensuite un logiciel permettant d’interroger ces deux bases sur des questions génomiques, épidémiologiques et cliniques : « Il deviendra possible de faire des recoupements, par exemple entre le profil clinique d’un patient et un type particulier de tumeur ».

Entre 2000 et 2002, Vincent Le Texier a passé un Diplôme d'études supérieures spécialisées (DESS) en bio-informatique de l’Université de Rouen. Durant son cursus, il a effectué des stages dans l’industrie pharmaceutique et biotechnologique. Il a notamment créé une base de données pour la classification de cibles thérapeutiques et un programme d’annotation in silico des gènes d’intérêt. Durant les 6 années suivantes, il a travaillé en tant que bioinformaticien et ingénieur logiciel à l’European Bioinformatics Institute (Institut Européen de bio-informatique) de Cambridge en Angleterre. Il a participé au projet ATD (The Alternate Transcript Diversity project), une banque de données génomiques rassemblant toutes les informations disponibles sur les transcrits alternatifs, des formes particulières de protéines responsables des ARN messagers, les « signaux » envoyés par les gènes.

Il a rejoint la plateforme bio-informatique Synergie Lyon Cancer après avoir exercé pendant un an le métier de consultant informatique auprès d’entreprises.