En cancérologie, lorsqu'une équipe médicale décide d'un traitement médicamenteux pour un patient, l'association des molécules anticancéreuses et ses modalités d'administration sont définies par un protocole écrit. Ce document sert de référence tout au long de la prise en charge. Le protocole décrit précisément le contexte de prescription de médicaments (principalement, le type de cancer concerné), les médicaments utilisés avec leur dosage et leur mode d'administration (intraveineux, oral), les cycles de traitement (nombre de séances, intervalle entre les séances, toxicité attendue et observée, modifications de traitement), la durée du traitement.

Généralement, le protocole appliqué au patient suit le protocole recommandé par les experts pour chaque type de cancer. Ces recommandations se fondent sur des études ayant démontré l'équilibre entre les bénéfices et les possibles risques de la démarche thérapeutique.